Deze bekendste versie stelt dat natto bij toeval is ontstaan, nadat rijststrobacteriën zich aan gekookte bonen uit paardenvoer hadden gehecht. Er wordt gezegd dat dit gebeurde toen Minamoto no Yoshiie, een beroemde samoerai-generaal, verbleef in een residentie in de stad Watari in Mito op weg naar Oshu (een gebied in de huidige Tohoku-regio) tijdens de Gosannen-oorlog in 1083.
Natto werd pas populair tijdens de Edo-periode. Het was rond deze tijd dat de gewoonte ontstond om natto te eten met rijst, miso-soep en augurken.
Mito werd bekend om zijn natto omdat de omliggende gebieden een overvloed aan kleinere sojabonen produceerden, die perfect waren voor de productie. Daarnaast had de opening van de Mito Tetsudo (momenteel de JR Mito-lijn) in 1889 ook een grote impact op de populariteit van natto.
Oude gevestigde natto-fabrikanten begonnen natto te verkopen als souvenirs op het plein voor het station van Mito, waar massa’s bezoekers waren voor de pruimenbloesems in Kairakuen, een van de drie grote tuinen in Japan. Er wordt gezegd dat de hier verkochte natto enorm populair werd, waardoor het beeld van Mito ontstond als de plaats voor natto op nationale schaal.
Managing director Takahoshi zegt: ‘Veel mensen geloven dat de natto-cultuur in Mito floreerde omdat ze goede zakenmensen waren. In deze regio maken boeren van oudsher echter hun eigen in stro verpakte natto, en er zijn zelfs manieren om van natto te genieten die uniek zijn voor dit gebied, dus je kunt zeggen dat natto een gerecht is dat diep geworteld is in het leven van Mito-burgers. ”