Tijdens de fermentatie van de sojabonen worden enzymen gevormd die de eiwitten afbreken. Daarbij ontstaan allerlei stoffen zoals het polyglutaminezuur (PGA óf volledig GAMMA PGA) dat aan nattō de bijzondere smaak, geur en kleverigheid geeft. PGA is o.a. verantwoordelijk voor de umami smaak van nattō. Polyglutaminezuur is een polymeer van aminozuren. PGA kent een groot aantal toepassingen. Zo wordt het gebruikt in voeding, medicijnen en waterzuivering. Het wordt gebruikt als een geneesmiddelafgiftesysteem in kankerbehandeling en er is onderzoek gaande voor de toepassing in een behandeling van type I diabetes en de mogelijke toepassingen bij de productie van een AIDS-vaccin.
Behave een grote hoeveelheid PGA produceren de bacteriën ook vitamine K2 in de vorm van menaquinone 7 en nattokinase. Een kleine hoeveelheid nattō is al voldoende om verkalking van de slagaders te vertragen en zelfs te voorkomen; het stopt botontkalking en botten worden sterker.
De (Nederlandse) AHD voor vitamine K (K1 + K2) bedraagt 75 mcg per dag voor volwassenen (35 mcg/dag voor kinderen, 75 mcg/dag voor adolescenten); in de Verenigde Staten geldt een AI (Adequate Intake) voor volwassen mannen en vrouwen van respectievelijk 120 en 90 mcg per dag.
Baby’s krijgen kort na de geboorte extra vitamine K1 (1.000 mcg) toegediend en ouders wordt aangeraden om hun kind, als het borstvoeding krijgt, vanaf de eerste week tot 3 maanden dagelijks 150 mcg vitamine K1 te geven om bloedingen door vitamine K tekort te voorkomen.
Voor werkelijk schone aderen en gezonde botten is naar schatting 400-1000 mcg vitamine K (K1 + K2) per dag nodig. Dat haalt vrijwel niemand behalve als je nattō eet óf veel supplementen inneemt.
Dit houdt in dat het merendeel van de Nederlandse volwassenen te weinig vitamine K binnen krijgt.
De bekendste natuurlijke en meest effectieve bron van vitamine K2 is nattō.
Er zijn in Nederland weinig bedrijven die natto maken. Het is te koop in de Ekoplaza winkels. Dit product wordt gemaakt door de Hobbit uit België. In Drenthe is een online winkel die goede natto met veel vitamine K2 verkoopt. Deze natto is getest op de hoeveelheid K2.