Regelmatig krijgen wij de vraag hoe het zit met de zgn. anti-nutriënten in nattō. Peulvruchten kunnen namelijk aanzienlijke hoeveelheden anti-nutritionele of toxische componenten bevatten zoals fytaten, tannines, cyanogene glycosiden, oxalaten, saponines, lectines en remmers van enzymen zoals alpha-amylase, trypsine en chymotrypsine.
Deze stoffen verminderen de voedingswaarde van voedingsmiddelen door de minerale biologische beschikbaarheid en verteerbaarheid van eiwitten en koolhydraten te verstoren.
Uit wetenschappelijk onderzoek blijkt echter dat de toxische en anti-nutritionele componenten in gefermenteerde voedingsmiddelen gemaakt van bonen tot 95% worden verminderd.
Omdat natto ook wordt gefermenteerd is het grootste deel van de anti-nutriënten niet meer actief en blijven dus alleen nog de positieve eigenschappen van de voeding over.