De nadruk bij het eten van natto ligt voor de meeste mensen vooral op de grote hoeveelheid vitamine K2, die via deze voeding beschikbaar is. Maar men vergeet vaak dat natto nog veel meer goede voedingsstoffen bevat. Zo zit er in 100 gram natto bijna 18 gram eiwit (35% ADH) in een goed opneembare (dat is gefermenteerde) vorm, vitamine C (16% ADH), Vitamine B1 (15% ADH), Vitamine B2 (14% ADH), Vitamine B6 (9% ADH), Calcium (27% ADH), Magnesium (31% ADH), Fosfor (25% ADH), Koper (67% ADH) en het is tevens een goede bron voor IJzer (61% ADH), Zink (30% ADH), Seleen (16% ADH) en Mangaan (76 % ADH). Daarnaast bevat het van nature Nattokinase. Voor deze stof is geen vastgestelde dagelijkse hoeveelheid. Kortom natto is werkelijk een supervoeding. Het bevat verder geen cholesterol, maar wel bijna 750 mg (0,75 gram) omega-3 vetzuren.
* ADH ( De aanbevolen hoeveelheid voor een volwassene per dag)